自律神経系は、心拍数、消化、呼吸、発汗、内臓の調節など、身体の不随意機能を制御します。その働きは意識的な認識の範疇をほとんど超えていますが、生存には不可欠です。

神経系は大きく2つの部門に分かれており、これらはしばしば相反する働きをします。交感神経系は身体を活動状態に備えさせ、心拍数を上げ、瞳孔を拡張させ、筋肉への血流を促進し、アドレナリンを分泌します。一方、副交感神経系は休息と回復を促進し、心拍数を低下させ、消化を促し、エネルギーを節約します。さらに、腸管神経系という3つ目の部門は、消化管をかなり独立して制御しています。

両神経系は常に活動しており、そのバランスは状況に応じて変化する。慢性的な交感神経優位は、ストレス関連疾患と関連している。バイオフィードバックや特定の瞑想法は、かつては完全に自動的と考えられていた機能に対する随意的な影響力を高めることができ、随意運動と自律運動の境界は絶対的なものではないことを示している。

突然の騒音で心臓が速く鼓動したり、食後に心臓が落ち着いたりするたびに、自律神経系はその瞬間に合わせて体内の環境を調整している。