Autonomní nervový systém řídí mimovolní funkce těla – srdeční frekvenci, trávení, dýchání, pocení a regulaci vnitřních orgánů. Funguje převážně mimo vědomé vědomí, přesto je nezbytný pro přežití.

Má dvě hlavní části, které často působí v protikladu. Sympatická část připravuje tělo k činnosti: zrychluje srdeční tep, rozšiřuje zornice, přesměrovává krev do svalů a uvolňuje adrenalin. Parasympatická část podporuje odpočinek a regeneraci: zpomaluje srdeční tep, stimuluje trávení a šetří energii. Třetí část, enterický nervový systém, řídí gastrointestinální trakt se značnou samostatností.

Obě divize jsou aktivní neustále; rovnováha mezi nimi se mění v závislosti na okolnostech. Chronická sympatická dominance je spojena s onemocněními souvisejícími se stresem. Biofeedback a některé meditační praktiky mohou zvýšit vliv volního myšlení na funkce, které byly dříve považovány za zcela automatické, což dokazuje, že hranice mezi volním a autonomním myšlením není absolutní.

Pokaždé, když se srdce zrychlí při náhlém zvuku nebo se uklidní po jídle, autonomní nervový systém upravuje vnitřní prostředí tak, aby odpovídalo danému okamžiku.