Az autonóm idegrendszer a test akaratlan funkcióit – a pulzusszámot, az emésztést, a légzést, az izzadást és a belső szervek szabályozását – szabályozza. Nagyrészt a tudatos érzékelésen kívül működik, mégis elengedhetetlen a túléléshez.

Két fő részlege van, amelyek gyakran ellentétesen hatnak. A szimpatikus részleg felkészíti a testet a cselekvésre: felgyorsítja a szívet, tágítja a pupillákat, az izmokba irányítja a vért és adrenalint szabadít fel. A paraszimpatikus részleg elősegíti a pihenést és a regenerálódást: lelassítja a szívet, serkenti az emésztést és energiát takarít meg. Egy harmadik részleg, a bélidegrendszer, jelentős önállósággal irányítja a gyomor-bél traktust.

Mindkét részleg folyamatosan aktív; az egyensúly közöttük a körülményektől függően változik. A krónikus szimpatikus dominancia összefüggésben áll a stresszel összefüggő betegségekkel. A biofeedback és bizonyos meditációs gyakorlatok növelhetik az akaratlagos befolyást azokra a funkciókra, amelyeket korábban teljesen automatikusnak gondoltak, ami azt mutatja, hogy az akaratlagos és az autonóm közötti határ nem abszolút.

Minden alkalommal, amikor a szív hirtelen zajra felgyorsul, vagy étkezés után lecsillapodik, a vegetatív idegrendszer a belső környezetet a pillanathoz igazítja.