Hvert individ bærer to alleler for et gitt gen, men kjønnsceller får bare én. Segregasjonsloven sier at de to allelene separeres rent under dannelsen av kjønnsceller, slik at hver kjønnscelle får nøyaktig én allel. Befruktning gjenoppretter deretter paret.

Mendel utledet loven fra monohybridkryssninger som produserte konsistente fenotypiske forhold på 3:1 i andre generasjon. Det cytologiske grunnlaget er separasjonen av homologe kromosomer under anafase I av meiose. Søsterkromatider separeres senere i meiose II.

Segregering sikrer at genetisk informasjon overføres på en forutsigbar, partikkelformet måte i stedet for ved blanding. Unntak som ikke-disjunksjon produserer aneuploidi. Prinsippet er fortsatt en hjørnestein i klassisk genetikk og ligger til grunn for risikoberegninger i genetisk veiledning.

• Alleler separeres under gametdannelse
• Hver gamet mottar ett allel
• Forklarer 3:1-forhold i monohybridkryssinger
• Basert på homolog kromosomseparasjon