Každý jedinec nese dvě alely pro daný gen, ale gamety obdrží pouze jednu. Zákon segregace říká, že se tyto dvě alely během tvorby gamet čistě oddělí, takže každá gameta získá přesně jednu alelu. Oplodněním se pak pár obnoví.

Mendel odvodil tento zákon z monohybridních křížení, která ve druhé generaci vedly k konzistentním fenotypovým poměrům 3:1. Cytologickým základem je oddělení homologních chromozomů během anafáze I meiózy. Sesterské chromatidy se později oddělí v meióze II.

Segregace zajišťuje, že genetická informace je přenášena předvídatelným, částicovým způsobem, nikoli smícháním. Výjimky, jako je nondisjunkce, způsobují aneuploidii. Tento princip zůstává základním kamenem klasické genetiky a je základem výpočtů rizik v genetickém poradenství.

• Alely se oddělují během tvorby gamet
• Každá gameta obdrží jednu alelu
• Vysvětluje poměry 3:1 v monohybridních kříženích
• Na základě separace homologních chromozomů