Κάθε άτομο φέρει δύο αλληλόμορφα για ένα δεδομένο γονίδιο, ωστόσο οι γαμέτες λαμβάνουν μόνο ένα. Ο νόμος του διαχωρισμού ορίζει ότι τα δύο αλληλόμορφα διαχωρίζονται καθαρά κατά τον σχηματισμό των γαμετών, έτσι ώστε κάθε γαμέτης να αποκτά ακριβώς ένα αλληλόμορφο. Στη συνέχεια, η γονιμοποίηση αποκαθιστά το ζεύγος.

Ο Μέντελ συμπέρανε τον νόμο από μονοϋβριδικές διασταυρώσεις που παρήγαγαν σταθερές φαινοτυπικές αναλογίες 3:1 στη δεύτερη γενιά. Η κυτταρολογική βάση είναι ο διαχωρισμός ομόλογων χρωμοσωμάτων κατά την ανάφαση Ι της μείωσης. Τα αδελφά χρωματίδια διαχωρίζονται αργότερα στη μείωση II.

Ο διαχωρισμός διασφαλίζει ότι οι γενετικές πληροφορίες μεταδίδονται με προβλέψιμο, σωματιδιακό τρόπο και όχι μέσω ανάμειξης. Εξαιρέσεις όπως η μη αποσύνδεση προκαλούν ανευπλοειδία. Η αρχή αυτή παραμένει ακρογωνιαίος λίθος της κλασικής γενετικής και στηρίζει τους υπολογισμούς κινδύνου στη γενετική συμβουλευτική.

• Τα αλληλόμορφα διαχωρίζονται κατά τον σχηματισμό των γαμετών
• Κάθε γαμέτης λαμβάνει ένα αλληλόμορφο
• Εξηγεί τις αναλογίες 3:1 σε μονοϋβριδικές διασταυρώσεις
• Με βάση τον διαχωρισμό ομόλογων χρωμοσωμάτων