海洋生态系统由相互作用的生物群落及其所处的物理和化学环境组成。根据研究尺度的不同，其边界可以划定在潮间带、海带森林、珊瑚礁、河口或整个海洋盆地周围。

能量通常通过浮游植物、海藻或海草的光合作用进入海洋，或者通过热液喷口和渗漏处的化能合成作用进入海洋。营养物质、光照、温度和底质塑造了群落的结构。生物与其环境之间的反馈——例如珊瑚的造礁作用或海草的沉积物稳定作用——创造了栖息地，并进一步影响着哪些生物能够生存于此。

海洋生态系统提供食物、海岸防护、碳储存和文化价值。它们同时面临着捕捞、污染、气候变暖、酸化和栖息地破坏等多重压力。基于生态系统的管理旨在维护这些系统的完整性，而非仅仅关注单一物种。长期观测对于区分自然变异和定向变化至关重要。

即使是一小片海草，也能作为一个独立的生态系统发挥作用，拥有自己的生产者、消费者和分解者。