Et marint økosystem omfatter det samvirkende samfunnet av organismer og det fysiske og kjemiske miljøet de lever i. Grenser kan trekkes rundt et tidevannsbasseng, en tareskog, et korallrev, en elvemunning eller et helt havbasseng, avhengig av interessens omfang.

Energi kommer vanligvis inn gjennom fotosyntese av planteplankton, tang eller sjøgress, eller gjennom kjemosyntese ved åpninger og siver. Næringsstoffer, lys, temperatur og substrat former strukturen til samfunnet. Tilbakekoblinger mellom organismer og deres miljø – som revbygging av koraller eller sedimentstabilisering av sjøgress – skaper habitater som ytterligere påvirker hvem som kan leve der.

Marine økosystemer gir mat, kystvern, karbonlagring og kulturell verdi. De er under samtidig press fra fiske, forurensning, oppvarming, forsuring og ødeleggelse av habitater. Økosystembasert forvaltning forsøker å opprettholde integriteten til disse systemene i stedet for å fokusere på enkeltarter. Langsiktige observasjoner er avgjørende for å skille naturlig variasjon fra retningsendringer.

Selv en liten flekk med sjøgress fungerer som et selvstendig økosystem med sine egne produsenter, konsumenter og nedbrytere.