Un ecosistem marin cuprinde comunitatea interactivă de organisme și mediul fizic și chimic în care acestea trăiesc. Granițele pot fi trasate în jurul unui bazin oceanic, al unei păduri de alge marine, al unui recif de corali, al unui estuar sau al unui întreg bazin oceanic, în funcție de scara de interes.

Energia intră de obicei prin fotosinteză, prin intermediul fitoplanctonului, algelor marine sau ierburilor marine, sau prin chemosinteză la nivelul orificiilor de ventilație și al scurgerilor. Nutrienții, lumina, temperatura și substratul modelează structura comunității. Interacțiunile dintre organisme și mediul lor - cum ar fi construirea recifelor de către corali sau stabilizarea sedimentelor de către ierburi marine - creează habitate care influențează în continuare cine poate trăi acolo.

Ecosistemele marine oferă hrană, protecție costieră, stocare de carbon și valoare culturală. Acestea se află sub presiunea simultană a pescuitului, poluării, încălzirii, acidificării și distrugerii habitatului. Managementul bazat pe ecosisteme încearcă să mențină integritatea acestor sisteme, mai degrabă decât să se concentreze pe o singură specie. Observațiile pe termen lung sunt esențiale pentru a distinge variabilitatea naturală de schimbarea direcțională.

Chiar și o mică porțiune de iarbă marină funcționează ca un ecosistem autonom, cu propriii săi producători, consumatori și descompunători.