Et marint økosystem omfatter det interagerende samfund af organismer og det fysiske og kemiske miljø, de lever i. Grænser kan trækkes omkring et tidevandsbassin, en tangskov, et koralrev, en flodmunding eller et helt havbassin, afhængigt af interessens omfang.

Energi kommer typisk ind gennem fotosyntese af planteplankton, tang eller havgræs, eller gennem kemosyntese ved udløbsåbninger og siver. Næringsstoffer, lys, temperatur og substrat former samfundets struktur. Feedback mellem organismer og deres miljø - såsom revopbygning af koraller eller sedimentstabilisering af havgræs - skaber levesteder, der yderligere påvirker, hvem der kan leve der.

Marine økosystemer leverer føde, kystbeskyttelse, kulstoflagring og kulturel værdi. De er under samtidig pres fra fiskeri, forurening, opvarmning, forsuring og ødelæggelse af levesteder. Økosystembaseret forvaltning forsøger at opretholde disse systemers integritet snarere end at fokusere på enkeltarter. Langsigtede observationer er afgørende for at skelne mellem naturlig variation og retningsændringer.

Selv et lille stykke havgræs fungerer som et selvstændigt økosystem med sine egne producenter, forbrugere og nedbrydere.