Solflekker er mørkere, kjøligere områder på soloverflaten. De ser små ut, men en typisk solflekk er omtrent på størrelse med jorden. Mørket er en kontrasteffekt. En solflekk er omtrent 1500 Kelvin kjøligere enn den omkringliggende fotosfæren, så den virker mørk mot den lysere overflaten. Hvis du kunne se en solflekk alene, ville den glødet sterkere enn fullmånen.

Solflekker er forårsaket av magnetisk aktivitet. Solens magnetfelt blir vridd av den differensielle rotasjonen av plasmaet. Der feltet er sterkt, undertrykker det varmestrømmen nedenfra, noe som skaper et kjøligere område. Solflekker kommer ofte i par, med motsatte magnetiske polariteter. De er omgitt av lyse områder kalt faskuler, som er varmere og mer aktive.

Antall solflekker stiger og synker i en 11-års syklus. Ved solmaksimum er solen dekket av flekker og utbrudd. Ved solminimum er den nesten plettfri. Syklusen påvirker romværet, jordens klima og solens lysstyrke. Maunderminimumet, en periode med svært få solflekker fra 1645 til 1715, falt sammen med en periode med global avkjøling kalt den lille istiden.

Galileo var den første som observerte solflekker med et teleskop i 1610. Han viste at de var på soloverflaten, ikke på himmelen. Denne observasjonen utfordret ideen om at solen var perfekt og uforanderlig.