A napfoltok a Nap felszínének sötétebb, hűvösebb területei. Kicsinek tűnnek, de egy tipikus napfolt nagyjából a Föld méretével egyezik meg. A sötétség kontraszthatás. Egy napfolt körülbelül 1500 Kelvinnel hidegebb, mint a környező fotoszféra, ezért sötétnek tűnik a világosabb felszínhez képest. Ha egy napfoltot önmagában látnánk, az fényesebben világítana, mint a telihold.

A napfoltokat a mágneses aktivitás okozza. A Nap mágneses mezejét a plazma differenciális forgása elcsavarja. Ahol a mező erős, elnyomja az alulról érkező hő áramlását, így hűvösebb régió jön létre. A napfoltok gyakran párokban fordulnak elő, ellentétes mágneses polaritással. Ezeket fényes területek, úgynevezett fakulák veszik körül, amelyek melegebbek és aktívabbak.

A napfoltok száma 11 éves ciklusokban változik. A napaktivitás maximumakor a Napot foltok és kitörések borítják. A napaktivitás minimumakor szinte foltmentes. A ciklus befolyásolja az űridőjárást, a Föld éghajlatát és a Nap fényességét. A Maunder-minimum, egy nagyon kevés napfolttal teli időszak 1645 és 1715 között, egybeesett a kis jégkorszaknak nevezett globális lehűlés időszakával.

Galilei volt az első, aki 1610-ben távcsővel megfigyelt napfoltokat. Bebizonyította, hogy azok a Nap felszínén vannak, nem az égbolton. Ez a megfigyelés megkérdőjelezte azt az elképzelést, hogy a Nap tökéletes és változatlan.