अप्रत्यक्ष स्मृति वह प्रतिधारण क्षमता है जिसके लिए सचेत स्मरण की आवश्यकता नहीं होती है। यह जानबूझकर स्मरण करने के बजाय प्रदर्शन द्वारा प्रदर्शित होती है।

साइकिल चलाना, टाइपिंग करना और वाद्य यंत्र बजाना जैसे कौशल अंतर्निहित (प्रक्रियात्मक) स्मृति द्वारा समर्थित होते हैं। इसी प्रकार, पूर्व अनुभव के कारण उद्दीपन का तीव्र या अधिक सटीक प्रसंस्करण भी अंतर्निहित स्मृति पर आधारित होता है, भले ही व्यक्ति को वह अनुभव याद न हो। शास्त्रीय कंडीशनिंग भी अंतर्निहित स्मृति उत्पन्न कर सकती है: मूल युग्मन की जानकारी के बिना भी एक अनुकूलित भावनात्मक प्रतिक्रिया हो सकती है।

स्मृतिलोप से ग्रस्त जिन रोगियों में नई स्पष्ट स्मृतियाँ बनाने की क्षमता समाप्त हो चुकी होती है, उनमें अंतर्निहित स्मृति काफी हद तक संरक्षित रहती है। एचएम नए शारीरिक कौशल सीख सकता है और प्रशिक्षण सत्रों को याद करने में असमर्थ रहते हुए भी प्रारंभिक प्रभाव दिखा सकता है। यह भिन्नता इंगित करती है कि दो प्रकार की स्मृतियों को अलग-अलग तंत्रिका तंत्रों का समर्थन प्राप्त है। अंतर्निहित स्मृति हिप्पोकैम्पस पर कम और बेसल गैन्ग्लिया, सेरिबेलम और नियोकोर्टेक्स जैसी संरचनाओं पर अधिक निर्भर करती है।

जब भी आप बिना सचेत रूप से चरणों को याद किए कोई कुशल क्रिया करते हैं, तो आप अंतर्निहित स्मृति का प्रदर्शन करते हैं।