تدافع البكتيريا عن نفسها ضد الفيروسات باستخدام إنزيمات تقطع الحمض النووي الغريب. تتعرف هذه الإنزيمات على تسلسلات قصيرة محددة وتقطع الحمض النووي عند ذلك الموقع أو بالقرب منه. تُسمى هذه الإنزيمات بإنزيمات القطع، وهي بمثابة مقصات علم الأحياء الجزيئي. وبدونها، يصبح استنساخ الجينات مستحيلاً.

تتعرف إنزيمات القطع على تسلسلات من أربعة إلى ثمانية أزواج قاعدية، تُسمى مواقع القطع. بعضها يقطع بشكل مستقيم عبر كلا الشريطين، مُنتجًا نهايات غير لاصقة. بينما يقطع البعض الآخر عند مواقع متداخلة، مُنتجًا نهايات لاصقة ذات نتوءات قصيرة أحادية الشريط. تُعد النهايات اللاصقة مفيدة لأنها تستطيع الارتباط مع النتوءات المُكملة على قطعة DNA أخرى، مما يسمح لإنزيم الليغاز بربطها. على سبيل المثال، يتعرف إنزيم EcoRI على التسلسل GAATTC ويقطع بين G و A، مُنتجًا نتوءًا من أربعة قواعد.

تُستخدم إنزيمات التقييد في العديد من التقنيات. فهي تقطع الحمض النووي لأغراض الاستنساخ والتخطيط والتحليل، وتُجزّئ الحمض النووي لأغراض التسلسل، وتكشف الطفرات عن طريق القطع عند أو بالقرب من موقع متغير. كما تُستخدم أيضًا في بصمة الحمض النووي، حيث يختلف نمط القطع بين الأفراد.

تتوفر تجارياً مئات من إنزيمات التقييد، لكل منها موقع تعرف ونمط قطع خاص به. وقد سُميت هذه الإنزيمات نسبةً إلى الكائن الحي الذي استُخلصت منه: EcoRI من الإشريكية القولونية، وHindIII من المستدمية النزلية، وBamHI من العصوية المحللة للنشا. ويُعدّ هذا التوصيف بمثابة تذكير بسيط بالأصول الميكروبية لهذه الأدوات الأساسية.