MR, eller magnetisk resonanstomografi, använder starka magnetfält och radiovågor för att producera detaljerade bilder av hjärnan och andra mjukvävnader. Den är inte beroende av joniserande strålning.

Tekniken detekterar beteendet hos vätekärnor i vattenmolekyler när de placeras i ett magnetfält och störs av radiofrekvenspulser. Olika vävnader återgår till jämvikt i olika hastigheter, vilket genererar kontrast som avslöjar anatomisk struktur med hög rumslig upplösning. Strukturell MRI används ofta för att upptäcka tumörer, lesioner, utvecklingsanomalier och vävnadsförlust i samband med neurodegenerativa sjukdomar.

Funktionell MRI utökar metoden genom att spåra signaler som är beroende av blodets syrenivå och som förändras med neural aktivitet. Kombinationen av strukturell och funktionell avbildning har förändrat både klinisk diagnos och kognitiv neurovetenskap. Klaustrofobi, förekomsten av vissa metallimplantat och kostnaden och tillgängligheten av skannrar förblir praktiska begränsningar.

När fina anatomiska detaljer av mjukvävnad krävs utan röntgen, är MR den metod som väljs.