Směs proteinů protéká kolonou naplněnou kuličkami. Některé proteiny se na kuličky uchytí. Jiné protékají. Změnou podmínek se usazené proteiny uvolňují jeden po druhém. To je chromatografie, technika pro separaci a čištění biologických molekul. Je základem následného zpracování v biovýrobě.

Princip je jednoduchý. Molekuly mají různou afinitu ke stacionární fázi (kuličky) a mobilní fázi (kapalina protékající skrz). Tyto rozdíly způsobují, že se pohybují různými rychlostmi a oddělují je. Tato technika se vyskytuje v několika formách. Iontově výměnná chromatografie odděluje molekuly podle náboje. Vylučovací chromatografie odděluje podle velikosti. Afinitní chromatografie využívá specifickou vazebnou interakci, podobně jako se protilátka váže na svůj cíl. Hydrofobní interakční chromatografie odděluje podle hydrofobicity.

Chromatografie se v biotechnologii používá všude. Čistí inzulín, monoklonální protilátky a vakcíny. Analyzuje vzorky krve na přítomnost léčiv a metabolitů. Odděluje fragmenty DNA pro sekvenování. Je to pracant analytické chemie a vývoje procesů.

Problémem je rozsah. Kolona, ​​která funguje v laboratoři, nemusí fungovat v továrně. Kuličky, průtok, tlak a pufry musí být optimalizovány. Jediný krok čištění může trvat hodiny a stát tisíce dolarů. Čistota, které se dosahuje, stojí za to úsilí.