Τα αλιευτικά εργαλεία σπάνια είναι τέλεια επιλεκτικά. Παράλληλα με τα είδη-στόχους, τα δίχτυα, τα παραγάδια και οι τράτες συχνά παγιδεύουν θαλάσσια θηλαστικά, θαλασσοπούλια, χελώνες και μη εμπορικά ψάρια. Αυτή η ακούσια αλίευση ονομάζεται παρεμπίπτουσα αλίευση.

Μερικά παρεμπίπτοντα αλιεύματα απορρίπτονται στη θάλασσα, συχνά νεκρά ή ετοιμοθάνατα. Κάποια άλλα διατηρούνται και πωλούνται. Το οικολογικό κόστος μπορεί να είναι υψηλό, ειδικά για είδη που αναπαράγονται αργά, όπως οι καρχαρίες, τα σαλάχια και τα άλμπατρος. Ορισμένα αλιευτικά είδη έχουν ιστορικά απορρίψει περισσότερη βιομάζα από όση διατηρούν, γεγονός που οδήγησε σε μεταρρυθμίσεις στη διαχείριση.

Οι τεχνικές λύσεις περιλαμβάνουν συσκευές αποκλεισμού χελωνών, πετονιές εκφοβισμού πτηνών, κυκλικά άγκιστρα και χωρικά κλεισίματα σε πραγματικό χρόνο. Τα προγράμματα πιστοποίησης και οι κανονισμοί εισαγωγών απαιτούν ολοένα και περισσότερο αποδεδειγμένες μειώσεις στα παρεμπίπτοντα αλιεύματα. Η παρακολούθηση μέσω παρατηρητών και ηλεκτρονικών συστημάτων είναι απαραίτητη για τη μέτρηση της προόδου. Η πλήρης εξάλειψη είναι δύσκολη, ωστόσο ουσιαστικές μειώσεις είναι εφικτές με τα υπάρχοντα εργαλεία και κίνητρα.

• Μη στοχευόμενα είδη που αλιεύονται κατά την αλιεία
• Μπορεί να περιλαμβάνει θηλαστικά, πουλιά, χελώνες και ψάρια
• Συχνά απορρίπτονται νεκροί ή ετοιμοθάνατοι
• Μειωμένο με τροποποιήσεις και διαχείριση εργαλείων