貨物跨境運輸需接受檢查並繳納關稅。海關是負責控制貨物進出境、徵收關稅和稅款以及執行進出口法規的政府機構。

船舶在抵達港口前或抵達時提交艙單和申報單。海關官員可以登船檢查貨物，並批准船舶卸貨或裝貨。走私、虛假申報和違禁品是執法重點。貨物通常需要海關許可才能離開港口區域。

海關清關延誤會影響整個物流鏈。雖然許多港口已採用電子預到港系統減少了紙本文件，但仍需進行人工查驗。準確的文件記錄和與船舶代理的合作能夠加快清關速度。

• 負責監理進出口和關稅的機構
• 檢查船舶、貨物和申報單
• 批准貨物運輸
• 執行貿易和禁令規則