सीमा पार करने वाले सामानों की जांच और शुल्क लगता है। सीमा शुल्क सरकारी प्राधिकरण है जो किसी देश में माल के आने-जाने को नियंत्रित करने, शुल्क और कर वसूलने और आयात-निर्यात नियमों को लागू करने के लिए जिम्मेदार है।

जहाज़ आगमन से पहले या आगमन पर माल की सूची और घोषणाएँ प्रस्तुत करते हैं। सीमा शुल्क अधिकारी जहाज़ पर चढ़कर माल की जाँच कर सकते हैं और माल उतारने या चढ़ाने के लिए जहाज़ को मंजूरी दे सकते हैं। तस्करी, गलत घोषणा और प्रतिबंधित वस्तुओं पर कार्रवाई को प्राथमिकता दी जाती है। आमतौर पर, माल को बंदरगाह क्षेत्र से बाहर ले जाने से पहले सीमा शुल्क से मंजूरी आवश्यक होती है।

सीमा शुल्क प्रक्रिया में देरी से पूरी लॉजिस्टिक्स श्रृंखला प्रभावित होती है। कई बंदरगाहों पर इलेक्ट्रॉनिक प्री-अराइवल सिस्टम ने कागजी कार्रवाई कम कर दी है, फिर भी भौतिक जांच अभी भी होती है। सटीक दस्तावेज़ीकरण और जहाज के एजेंट के साथ सहयोग से प्रक्रिया में तेजी आती है।

• आयात, निर्यात और शुल्क को नियंत्रित करने वाला प्राधिकरण
• जहाजों, माल और घोषणाओं का निरीक्षण करता है
• माल ढुलाई के लिए मंजूरी प्रदान करता है
• व्यापार और निषेध नियमों को लागू करता है