Микроматрица — это чип, покрытый тысячами крошечных пятен ДНК или белка. Каждое пятно соответствует определенному гену или белку. При нанесении образца молекулы образца связываются со своими комплементарными пятнами. Измеряется степень связывания, что позволяет получить моментальный снимок экспрессии генов или уровней белков по тысячам целевых объектов одновременно. Эта технология произвела революцию, появившись в конце 1990-х годов.

Наиболее распространенным типом является ДНК-микроматрица. Она позволяет измерить экспрессию каждого гена в геноме в рамках одного эксперимента. Она также может выявлять генетические вариации, такие как однонуклеотидные полиморфизмы и изменения числа копий. Белковые микроматрицы измеряют уровни белков и их взаимодействия. Тканевые микроматрицы позволяют патологоанатомам анализировать множество образцов тканей на одном слайде.

Микроматрицы в значительной степени вытеснены секвенированием РНК для исследований экспрессии генов, поскольку секвенирование более чувствительно и позволяет обнаруживать новые транскрипты. Однако микроматрицы остаются полезными для высокопроизводительного генотипирования, клинической диагностики и применений, где важна стоимость. Они также используются в исследованиях для проверки результатов секвенирования.

Технология зрелая и широко доступная. Она требует тщательного планирования эксперимента и анализа данных. Эксперимент с микроматрицами может генерировать больше данных, чем может обработать одна лаборатория, поэтому биоинформатика имеет важное значение.