एक परमाणु में बदलाव करने से दवा का असर खत्म हो सकता है। संरचना-गतिविधि संबंध (SAR) से यही सीख मिलती है, जो इस बात का अध्ययन है कि किसी अणु की संरचना उसकी जैविक गतिविधि को कैसे प्रभावित करती है। औषधीय रसायनज्ञ SAR का उपयोग करके दवाओं में बदलाव करते हैं। यदि किसी विशेष स्थान पर मिथाइल समूह जोड़ने से प्रभावशीलता बढ़ती है, तो वे वहां अन्य समूह जोड़ने का प्रयास करते हैं। यदि हाइड्रॉक्सिल समूह हटाने से विषाक्तता कम होती है, तो वे ऐसे अन्य बदलावों की तलाश करते हैं जिनका प्रभाव समान हो। लक्ष्य महत्वपूर्ण संरचनात्मक विशेषताओं को खोजना और उन्हें अनुकूलित करना है।

एसएआर का निर्माण परीक्षणों के आधार पर किया जाता है। रसायनज्ञ संबंधित यौगिकों की एक श्रृंखला का संश्लेषण करते हैं, जिनमें से प्रत्येक में एक छोटा संरचनात्मक परिवर्तन होता है, और उनकी सक्रियता का मापन करते हैं। डेटा को प्लॉट या सारणीबद्ध किया जाता है, और पैटर्न उभरते हैं। मात्रात्मक एसएआर, या क्यूएसएआर, आणविक गुणों से सक्रियता की भविष्यवाणी करने वाले गणितीय मॉडल बनाकर इसे और आगे ले जाता है। ये मॉडल किसी भी यौगिक के निर्माण से पहले आभासी पुस्तकालयों की जांच कर सकते हैं। एसएआर हमेशा सरल नहीं होता। एक परिवर्तन जो क्षमता को बढ़ाता है, वह घुलनशीलता को खराब कर सकता है, या एक संशोधन जो विषाक्तता को कम करता है, वह प्रभावकारिता को भी कम कर सकता है। रसायनज्ञ एक साथ कई गुणों को संतुलित करता है।

एसएआर से क्या पता चलता है:

• फार्माकोफोर. सक्रियता के लिए आवश्यक संरचनात्मक विशेषताएं।
• प्रभावशीलता के रुझान. परिवर्तन किस प्रकार प्रभाव के लिए आवश्यक खुराक को प्रभावित करते हैं.@@
• चयनात्मकता. परिवर्तन संबंधित लक्ष्यों से बंधन को कैसे प्रभावित करते हैं।
• चयापचय स्थिरता। शरीर द्वारा होने वाले अपघटन पर परिवर्तनों का प्रभाव।
• विषाक्तता. परिवर्तन सुरक्षा को कैसे प्रभावित करते हैं.

एसएआर एक पुनरावर्ती प्रक्रिया है। डिजाइन, संश्लेषण और परीक्षण का प्रत्येक चरण अगले चरण को दिशा प्रदान करता है।