Kernen er den centrale kerne i et atom. Den indeholder protoner og neutroner, samlet kaldet nukleoner. Den er lille, omkring 1/100.000 af atomets diameter, men den indeholder næsten hele massen. Antallet af protoner bestemmer grundstoffet. Antallet af neutroner bestemmer isotopen. Kernen holdes sammen af ​​den stærke kernekraft, som overvinder den elektrostatiske frastødning mellem protoner.

Kernen blev opdaget af Ernest Rutherford i 1911 gennem guldfolieeksperimentet. Han affyrede alfapartikler mod en tynd guldfolie og fandt ud af, at nogle af dem vendte tilbage. Det betød, at den positive ladning var koncentreret i et lille volumen og ikke spredt ud over hele atomet. Opdagelsen ændrede atommodellen fra en blommebudding til et planetsystem.

Kernen er ikke statisk. Den kan undergå radioaktivt henfald, udsende partikler og spaltes i fission. Den kan smelte sammen med andre kerner i fusion. Disse kernereaktioner frigiver enorme mængder energi, langt mere end kemiske reaktioner. Det er derfor, atomkraft og atomvåben er så kraftfulde.

Kernen er også et kvantesystem. Protoner og neutroner er ikke simple kugler. De er lavet af kvarker, der holdes sammen af ​​gluoner. Den stærke kraft er en af ​​naturens fire grundlæggende kræfter. At forstå kernen er et centralt mål i kernefysik.