दो अणुओं का रासायनिक सूत्र एक ही हो सकता है, लेकिन उनका व्यवहार पूरी तरह से अलग हो सकता है। एथेनॉल और डाइमिथाइल ईथर दोनों का रासायनिक सूत्र C2H6O है। एथेनॉल एक तरल पदार्थ है जो पानी में घुलने पर नशा पैदा करता है। डाइमिथाइल ईथर एक गैस है जिसका उपयोग प्रणोदक के रूप में किया जाता है। परमाणु समान हैं, लेकिन उनकी व्यवस्था भिन्न है। ये समावयवी हैं। सूत्र से पता चलता है कि अणु में क्या है। संरचना से पता चलता है कि वह क्या करता है।

आइसोमर्स कई प्रकार के होते हैं। संरचनात्मक आइसोमर्स परमाणुओं के जुड़ाव के तरीके में भिन्न होते हैं। ब्यूटेन और आइसोब्यूटेन संरचनात्मक आइसोमर्स हैं। स्टीरियोआइसोमर्स में परमाणुओं का जुड़ाव समान होता है, लेकिन उनकी स्थानिक व्यवस्था भिन्न होती है। सिस-ट्रांस आइसोमर्स में डबल बॉन्ड या रिंग के चारों ओर की ज्यामिति भिन्न होती है। एनैन्टिओमर्स दर्पण प्रतिबिंब होते हैं जिन्हें एक दूसरे पर नहीं रखा जा सकता, जैसे बायां और दायां हाथ। इनके जैविक प्रभाव बहुत भिन्न हो सकते हैं। थैलिडोमाइड इसका एक प्रसिद्ध उदाहरण है: एक एनैन्टिओमर से मॉर्निंग सिकनेस ठीक हो जाती थी, जबकि दूसरे से जन्मजात विकृतियां हो जाती थीं।

औषधि निर्माण में समावयवता का विशेष महत्व है। किसी भी औषधि का आकार उसके लक्षित यौगिक के अनुरूप होना चाहिए। गलत समावयव निष्क्रिय या हानिकारक हो सकता है। नियामक एजेंसियां ​​अब औषधि निर्माताओं से प्रत्येक समावयव का अलग-अलग विश्लेषण और परीक्षण करने की अपेक्षा करती हैं।