Η αμυγδαλή είναι μια μικρή δομή σε σχήμα αμυγδάλου βαθιά στον κροταφικό λοβό. Είναι κεντρικής σημασίας για την επεξεργασία των συναισθημάτων, ιδιαίτερα του φόβου και της επιθετικότητας, και για τον συναισθηματικό χρωματισμό της μνήμης.

Οι αισθητηριακές πληροφορίες φτάνουν στην αμυγδαλή τόσο μέσω μιας γρήγορης υποφλοιώδους οδού όσο και μέσω μιας πιο αργής φλοιώδους οδού. Η γρήγορη οδός επιτρέπει ταχείες αμυντικές αντιδράσεις πριν από την πλήρη αναγνώριση του ερεθίσματος. Η πιο αργή οδός επιτρέπει πιο λεπτομερή αξιολόγηση. Η βλάβη στην αμυγδαλή μπορεί να προκαλέσει μια εντυπωσιακή απώλεια φόβου και αδυναμία αναγνώρισης του φόβου στα πρόσωπα των άλλων. Η υπερδραστηριότητα εμπλέκεται σε αγχώδεις διαταραχές και στις παρεμβατικές μνήμες μετατραυματικού στρες.

Η αμυγδαλή δεν λειτουργεί μεμονωμένα. Αλληλεπιδρά με τον ιππόκαμπο για να δώσει στα συναισθηματικά γεγονότα την προνομιακή τους θέση στη μνήμη, με τον προμετωπιαίο φλοιό για να ρυθμίσει τις συναισθηματικές αντιδράσεις και με το εγκεφαλικό στέλεχος για να ενεργοποιήσει τα σωματικά σημάδια του συναισθήματος. Ανταποκρίνεται όχι μόνο στις απειλές αλλά και σε θετικές ανταμοιβές και σε κοινωνικά ερεθίσματα όπως οι εκφράσεις του προσώπου.

Όταν ένας ξαφνικός ήχος κάνει την καρδιά να χτυπάει δυνατά πριν το μυαλό κατονομάσει την πηγή, η αμυγδαλή έχει ήδη κάνει τη δουλειά της.