Amigdala adalah struktur kecil berbentuk almond yang terletak jauh di dalam lobus temporal. Ia berperan penting dalam pemrosesan emosi, terutama rasa takut dan agresi, serta dalam pewarnaan emosional memori.

Informasi sensorik mencapai amigdala melalui jalur subkortikal cepat dan jalur kortikal yang lebih lambat. Jalur cepat memungkinkan respons defensif yang cepat sebelum stimulus sepenuhnya diidentifikasi; jalur yang lebih lambat memungkinkan penilaian yang lebih bernuansa. Kerusakan pada amigdala dapat menyebabkan hilangnya rasa takut yang mencolok dan ketidakmampuan untuk mengenali rasa takut di wajah orang lain. Aktivitas berlebihan dikaitkan dengan gangguan kecemasan dan ingatan yang mengganggu pada stres pasca-trauma.

Amigdala tidak bekerja secara terisolasi. Ia berinteraksi dengan hipokampus untuk memberikan tempat istimewa pada peristiwa emosional dalam memori, dengan korteks prefrontal untuk mengatur respons emosional, dan dengan batang otak untuk memicu tanda-tanda emosi pada tubuh. Ia merespons tidak hanya ancaman tetapi juga penghargaan positif dan isyarat sosial seperti ekspresi wajah.

Ketika suara tiba-tiba membuat jantung berdebar kencang sebelum pikiran sempat menyebutkan sumbernya, amigdala telah menyelesaikan tugasnya.