Po usunięciu afiksów pozostaje rdzeń. Rdzeń to podstawowy morfem słowa, który niesie główne znaczenie leksykalne i nie da się go rozłożyć na mniejsze, znaczące części.

Rdzenie łączą się z afiksami, tworząc tematy i pełne wyrazy. W niektórych językach rdzenie mają kanoniczne kształty, takie jak szkielety spółgłoskowe w morfologii semickiej. Identyfikacja rdzeni jest niezbędna do organizacji słownika i analizy morfologicznej.

Językoznawstwo historyczne rekonstruuje korzenie przodków, aby porównywać języki pokrewne. Analiza ludowa czasami błędnie identyfikuje rdzenie, co prowadzi do mylących wyjaśnień. Dokładna segmentacja rdzeni wspiera opis naukowy i praktyczne nauczanie słownictwa.

• Morfem podstawowy niosący podstawowe znaczenie leksykalne
• Nie można podzielić na mniejsze, znaczące jednostki
• Łączy się z afiksami, tworząc złożone słowa
• Centralne miejsce w analizie morfologicznej i historycznej